臺南市政府財政稅務局表示，已核准記存土地增值稅的列管土地，如所有權有再行移轉時，原記存之土地增值稅應繳納。 該局進一步說明，企業或金融機構在進行公司合併、收購及分割等併購行為而移轉土地所有權時，可依企業併購法、金融機構合併法、金融控股公司法等相關規定，申請記存土地增值稅，日後該土地再移轉時，由併購後取得土地的公司或機構負責繳納原記存之土地增值稅。另外，依企業併購法規定進行收購或105年1月8日以後進行分割記存土地增值稅案件，被收購公司、被分割公司或被分割公司股東於該土地完成移轉登記日起3年內，如果轉讓該對價取得之股份致持有股份低於原取得對價之65%時，被收購公司或被分割公司也會被追繳原記存的土地增值稅；如該追繳之稅款未繳清，應由收購公司、分割後既存或新設公司負責代繳。 舉例來說，甲公司與乙公司依企業併購法規定辦理合併，合併後乙公司消滅，其所有A土地移轉登記於甲公司名下，應繳納的土地增值稅600萬元將記存在甲公司名下，稅捐機關會對A土地加以列管，並每年辦理清查，如查獲A土地已再行移轉（例如買賣、贈與、信託、被徵收等），將對甲公司追繳原記存的土地增值稅600萬元；若甲公司僅移轉A土地部分持分，則會按比例追繳該移轉部分的土地增值稅額。
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